Die Möglichkeit, verschiedene Datenbanken bei der Informationssuche integriert nutzen zu können, ist eine weitere Anforderung wissenschaftlicher Nutzer an Suchwerkzeuge. Integration kann sowohl eine Unterstützung bei der Wahl der geeigneten Werkzeuge als auch die gemeinsame Suche in ihnen sowie die Mischung der Ergebnisse umfassen. Bei der Integration mehrerer Systeme sind geschlossene und offene Lösungen möglich. Bei einer geschlossenen Lösung wird ein Zusammenwirken mehrerer Systeme durch Übereinkünfte über die Verwendung der gleichen Software ermöglicht. Dies setzt eine enge Zusammenarbeit der beteiligten Partner voraus und ist sehr anfällig gegenüber Änderungen. Offene Integration bedarf keiner vorherigen Absprachen. Sie beruht auf der Verwendung von Standards und offenen Schnittstellen.
Die integrierte Nutzung mehrerer Informationssysteme kann die Recherche in mehreren Datenbanken für den gleichen Typ von Informationen bedeuten, wie z.B. verschiedene Suchdienste für Internetquellen, aber auch die medienunabhängige Suche nach verschiedenen Arten von Ressourcen. Beispielsweise kann eine Recherche sowohl im Internet als auch in traditionellen Bibliothekskatalogen und Online-Datenbanken stattfinden, so daß gedruckte und elektronische Dokumente zusammen nachgewiesen werden.